Là, Chef Joseph décida de faire une halte afin de permettre à ses guerriers de chasser pour avoir de la nourriture pour leur famille et de trouver du fourrage pour leurs bêtes. A ce moment, deux cents soldats sous les ordres du colonel Gibbon partirent de Fort Shaw pour surprendre les Nez Percés pendant leur halte. C'est ainsi qu'eu lieu la bataille de la Big Hole, où plus de 80 Nez Percés dont près d'une cinquantaine de femmes et d'enfants furent massacrés par le colonel Gibbon et ses hommes. Mais là encore les Nez Percés réussirent à reprendre leur fuite. Se déplaçant trés rapidement, la tribu tourna alors vers l'ouest et traversa l'Idaho. Le général Howard, à la tête de ses troupes ne se trouvaient alors qu'à une journée de marche derrière les Nez Percés, mais l'arrière garde de ceux-ci ne cessait de harceler l'armée afin de ralentir le plus possible leur avance. Le 22 août, les touristes effrayés du Parc National de Yellowstone récemment créé, virent passé la tribu à travers le Parc. Le gouvernement donna alors l'ordre à toutes les troupes de la région de traquer la tribu en fuite, mais à chaque fois les Nez Percés réussirent soit à repousser les soldats soit à les éviter. Vers la fin septembre, Chef Joseph fit obliquer sa tribu vers la frontière canadienne, ils franchirent le Missouri et là, commirent l'erreur fatale de faire une nouvelle halte, dans les monts Bear Paw près de la Snake Creek. Ils y furent rattrapé par les hommes du colonel Nelson Miles le 30 septembre, s'engagea alors une bataille de 5 jours durant laquelle le chef Looking Glass, un des plus fidèle lieutenant de Chef Joseph, trouva la mort. Le 5 octobre, le général Howard et son armée arrivèrent à leur tour sur les lieux de la bataille. Devant l'arrivé de ces nouvelles troupes, les Nez Percés, à bout de force et affamés, comprirent qu'ils leurs seraient désormais impossible de vaincre ou de s'échapper et Chef Joseph demanda à rencontrer le colonel Miles pour signer la rédition de son peuple. De retour auprès des siens, Chef Joseph annonça dans un discours qu'il ne combattrait plus jamais.
Aprés leur rédition et contrairement au accords passé entre Chef Joseph et le colonel Miles, les Nez Percés furent déporté dans le Kansas où un bon nombre d'entre eux mourrurent de maladie. Par la suite, Chef Joseph et quelques uns de ses compagnons furent exilés dans une réserve de Nespelem dans l'etat de Washington où Chef Joseph mourru à l'âge de 64 ans en 1904, le coeur meurtri par le chagrin.